Quelques conseils pratiques pour la gestion des données de microscopie (et pas seulement)
1- Mettre en place un plan de classement et créer une arborescence hiérarchisée. L'outil framindmap est très utile pour réfléchir à son arborescence et visualiser l'organisation des données du projet/équipe. Un exemple d'organisation des données.
2- Adopter des règles de nommage précises et communes à l’entité ou au projet pour garantir la pérennité des données et permettre la compréhension des informations.
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Non !
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Les noms doivent être cohérents, ordonnés et informatifs |
| image1.tif | 2026_03_03_slide_01_control_DMSO_DAPI_Pax6_image_01.tif |
| image_02.tif | 2026_03_03_slide_01_control_DMSO_DAPI_Pax6_image_02.tif |
| image-3_20260303.tif | 2026_03_03_slide_01_Taxol_20nM_DAPI_Pax6_image_01.tif |
- Ne pas utiliser de caractères spéciaux dans les noms: /, \, %, $, etc.
- Ne pas utiliser d'espace mais "_" et "-"
- Formatage des dates pour le filtrage des fichiers: année_mois_jour 2026_03_09
- utiliser ma méthode de zero-padding pour les numéros de fichiers: image_01, image_02, ... , image_10, image_11 pour permettre le tri correct des fichiers.
- Utiliser des dossiers (et sous dossiers) pour réduire les informations à afficher dans le nom des fichiers
3- Associer de la documentation ou des métadonnées pour décrire les données
- Pour conserver les métadonnées de l'acquisition, sauvegarder vos images avec le format de fichier propriétaire (Nikon, Zeiss, Leica, Revvity, etc.)
- Créer un fichier Readme. Un fichier « ReadMe » est un simple fichier texte (par exemple, utilisez le Bloc-notes) que vous enregistrez avec vos images et dans lequel vous pouvez conserver des notes sur la manière dont vos images ont été acquises et comment elles sont organisées. Il ne remplace pas votre cahier de laboratoire ; il s'agit d'un moyen pour vous et d'autres personnes d'identifier et de comprendre rapidement les images stockées à un emplacement spécifique.
4- Plan de stockage et sauvegarde. Il est conseillé d’appliquer la règle dite « 3 – 2 – 1 », état de l’art en matière de sauvegarde, qui consiste à disposer de 3 copies des donnés, stocker sur 2 supports différents, dont 1 hors ligne.
5- Nettoyage et organisation réguliers des données.
- Effacer les données non utilisables
- Archiver les données froides analysées/publiées.