PINT

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La Plateforme INteractome Timone (PINT) offre une expertise unique dans l’analyse thermodynamique et cinétique des interactions moléculaires.

PINT est équipée de microcalorimètres (ITC et DSC), de nanoDSF, de spectrophotomètres et d’une Ultracentrifugeuse Analytique (UCA), et d’un biocapteur optique basé sur la résonance plasmonique de surface (SPR).

Ces techniques ont toutes pour objet de caractériser les interactions moléculaires (protéines, acides nucléiques, sucres, lipides, petites molécules, peptides, protéoliposomes, particules virales, etc…). Elles ont en commun l’absence d’utilisation de réactifs marqués, la simplicité et la rapidité de mise en œuvre. La complémentarité de ces techniques est largement référencée pour la caractérisation des interactions protéines-ligands

Cette plateforme est ouverte à la communauté de chercheurs académiques comme industriels.

La plateforme PINT est localisée au 3eme étage de l’aile verte de la faculté de médecine.

 

Pôle Microcalorimétrie

Responsable : François DEVRED

Equipements à disposition :  3 microcalorimètres: ITC200, VP-ITC et VP-DSC permettant à la fois de mener des études de calorimétrie de titration isotherme (ITC) et de calorimétrie à balayage de température (DSC), ainsi que d'un nanoDSF NT.Plex.

L'ITC permet de caractériser les interactions intermoléculaires en obtenant leur profil thermodynamique complet : constante d'affinité, stœchiométrie, enthalpie et entropie.

La DSC et le nanoDSF permettent de déterminer la thermostabilité (5-120 °C) de protéines, ADN, micelles ... ce qui donne notamment des indications sur la structure tertiaire des molécules et les interactions moléculaires. Le nanoDSF par l'utilisation de capillaires peut aussi être utilisé pour faire du screening d'interactions.

Parallèlement à notre activité de prestation de service, nous menons une activité R/D ayant pour objectif la mise au point d'une nouvelle méthode  diagnostique par profilage calorimétrique des biofluides. En collaboration avec l'équipe 8 de l'INP et le Service de Neuro-oncologie de La Timone (AP-HM) nous travaillons à la mise au point d'une méthode de suivi des glioblastomes (Tsvetkov et al Oncotarget 2018). En partenariat avec l'équipe QARMA du Laboratoire Informatique et Systemes, AMU et la société EURANOVA toutes deux spécalistes de l'apprentissage automatique (machine learning), nous developpons une approche universelle visant à généraliser cette méthode à d'autres maladies du système nerveux (Alzheimer, Parkinson, multiple sclerosis …).

Pôle Ultracentrifugation Analytique

Responsable : Pascale BARBIER

Equipement à disposition : Ultracentrifugeuse Analytique Beckman XLA

L'UltraCentrifugation Analytique (UCA) permet l’étude du comportement des macromolécules  natives  et en solution, soumises à une force centrifuge. A l’aide d’un système de détection qui permet de mesurer la concentration en macromolécule en fonction du rayon de centrifugation, nous pouvons effectuer deux types d’expériences qui vont conduire à l’obtention d’informations complémentaires :

La vitesse de sédimentation permet d’obtenir le coefficient de sédimentation, la forme, l’état associatif (monomère, dimère, trimère,…) d’une macromolécule. Elle peut aussi mettre en évidence la formation d’un complexe et permettre la détermination de sa constante d’affinité.

L’équilibre de sédimentation permet d’obtenir la masse, l’état associatif (monomère, dimère, trimère,…) et de mettre en évidence la formation d’un complexe macromoléculaire.

 

Pôle Résonance Plasmonique de Surface (SPR)

Responsable : Géraldine FERRACCI

Equipements à disposition : Biacore T200, Biacore 3000 et ProteOn XPR36

Les systèmes SPR sont conçus pour visualiser en temps réel les interactions entre biomolécules non marquées. Un des réactifs, le ligand, est retenu sur la sensor chip et les autres partenaires de l’interaction, appelés analytes, sont injectés à un débit constant à l'aide d'un circuit microfluidique. Le principe de la SPR permet de suivre à tout moment les changements de masse à la surface de la sensor chip, induits par la formation puis la dissociation des complexes moléculaires.

L’exploitation de la mesure en temps réel va permettre d’obtenir les constantes cinétiques d’association (ka) et de dissociation (kd) et d’en déduire l’affinité (KD) de l’interaction. Avec un mode d’analyses automatisées, parallélisées et miniaturisées, les biocapteurs optiques SPR permettent en outre de définir les constantes thermodynamiques, la concentration active d’un analyte, des cartographies épitopiques ou d’étudier des molécules en milieux complexes et de réaliser de la micropurification et récupération de partenaires inconnus.

 

Pole CAPM analyse protéomique

 

Responsable : Maya Belghazi, maya.belghazi@univ-amu.fr 

Equipement à disposition : Micro-HPLC Smart System BioRad ; Ultraflex II TOF-TOF Bruker ; Q-TOF Ultima Waters ; TECAN EVO 100 ; Nano UHPLC DIONEX 3000.

La spectrométrie de masse est une technique physique d’analyse qui permet de détecter et d’identifier des molécules par mesure de leur masse et de caractériser leur composition chimique. Services proposés : Masse entière ; Identification PMF ou MSMS ; Quantification iTRAQ ; Séquençage de novo.

partenaires: 

Voici une liste non exhaustive des équipes ayant fait appel à la plateforme PINT :

Marseille medical genetics, Inserm UMR U1251, Marseille (Marc Bartoli) - Institut de Chimie de Nice, UMR CNRS 7272, Nice (Rachid Benhida) - Centre européen de recherche en imagerie médicale, Marseille (Benjamin Guillet) - INP, Institut de NeuroPhysiopathologie, UMR CNRS 7051, Marseille (Francois Devred, Emeline Tabouret) - CRCM, Centre de recherche en cancérologie de Marseille, Inserm U1068, Marseille (Joseph Ciccolini, Eddy Pasquier) - Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires,UMR CNRS 7255, Marseille (James Sturgis) - Grenoble Institut Neurosciences, Inserm UMR U1216, Grenoble (Isabelle Arnal) - Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, CNRS UMR 7257, Marseille, (Sonia Longhi) -  Institut de Microbiologie de la Méditerranée, Laboratoire de chimie Bactérienne, CNRS UMR 7283, Marseille, (Romé Voulhoux) - Institut de Microbiologie de la Méditerranée, Bioénergétique et Ingénierie des Protéines, CNRS UMR 7281, Marseille, (Brigitte Gontéro)

Détails

Labellisation: 

PFNT est une pleforme labellisée AMU

 

Actualités

  1. INP attended Canceropole PACA 8th annual seminar

    Last week the 8th annual seminar of Canceropole PACA took place in the Palais des Congrés of Saint Raphaël. During these 2 days a great number of scientific presentations were given, including different aspects of INP research coming from team 8, team 9 and the platform PINT, during the poster sessions.

  2. INP first video abstract ?

    A couple weeks after the release of article "An AI-Powered Blood Test to Detect Cancer Using NanoDSF" authored by Tsvetkov Philipp*, Eyraud Rémi*, Ayache Stéphane, Bougaev Anton, Malesinski Soazig, Benazha Hamed, Gorokhova Svetlana, Buffat Christophe, Dehais Caroline, Sanson Marc, Bielle Franck, Figarella Branger Dominique, Chinot Olivier, Tabouret Emeline* and Devred François* in Cancers, the two first and two last authors of this interdisciplinary study participated in their first video abstract. Here is the result ... be kind 

     

  3. Fondation Vaincre Alzheimer's visit at the Institute of Neurophysiopathology (INP)

    A few weeks ago, the Vaincre Alzheimer Foundation came to visit the Institute of NeuroPhysiopathology and made a short documentary on the team Neural Plasticity and Degeneration (Team 1), led by Santiago Rivera who was recently funded by the Foundation. It was an opportunity for him to thank Vaincre Alzheimer and the donors and talk about the importance of MT5-MMP, a protease that contributes to the pathophysiological mechanisms of Alzheimer’s disease and may become a potential new target.

  4. MedIM 2020 : retour d'expérience

    Dans la semaine du lundi 07 décembre au vendredi 11 décembre s'est tenue avec succès la première édition de l'atelier MedIM (Methodes d'étude des Interactions Moléculaires) co-organisé par la Plateforme INteractome Timone (PINT) de l’INP, la plateforme de Biologie Structurale de l’AFMB et les plateformes de l’IMM, toutes trois labellisées "Plateformes Technologiques du site d'Aix-Marseille".

  5. Nouvelles acquisitions de PINT : Biacore T200 & AKTA pure

    La Plateforme INteractome Timone – PINT est heureuse de vous annoncer l’arrivée du Biacore T200 (Cytiva, ex GE Healthcare), système utilisant la technologie de SPR (Résonance Plasmonique de Surface) pour mesurer les interactions en temps réel entre biomolécules non marquées, des ions jusqu’aux virus. La mesure en temps réel permet d’obtenir les constantes cinétiques d’association (kon) et de dissociation (koff) et d’en déduire l’affinité (KD).

  6. INP teams awarded MIC Cancer Inserm - ITMO Aviesan 2020 grant
  7. MedIM 2020 : First inter-platform Interactome workshop

    INP platform PINT together with AFMB and IMM are glad to announce their first inter-platform interactome workshop entitled "Methods to study Molecular Interactions (Biomedical applications)" that will take place from monday december 7th to friday 11th 2020. 

    Looking to confirm the interaction between a drug and its target?
    Wanting to characterize the interaction between a receptor and its ligand?

  8. Nanotemper Technologies 1st Virtual Symposium 

    Romain La Rocca, third year PhD student in INP team 9 (Cytoskeleton and Neurophysiopathology), will present a part of his thesis work during the 1st NanoTemper Virtual Symposium on June 30th from 9 to 12h30. NanoTemper annual seminars bring together the researchers using NanoTemper instruments, or eager to discover new technologies and in different fields of research. During this event, Romain will show how to use the nanoDSF technology to study the quaternary structure of tubulin. 

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