PINT

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Description: 

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La Plateforme INteractome Timone (PINT) offre une expertise unique dans l’analyse thermodynamique et cinétique des interactions moléculaires.

PINT est équipée de microcalorimètres (ITC et DSC), de nanoDSF, de spectrophotomètres et d’une Ultracentrifugeuse Analytique (UCA), et d’un biocapteur optique basé sur la résonance plasmonique de surface (SPR).

Ces techniques ont toutes pour objet de caractériser les interactions moléculaires (protéines, acides nucléiques, sucres, lipides, petites molécules, peptides, protéoliposomes, particules virales, etc…). Elles ont en commun l’absence d’utilisation de réactifs marqués, la simplicité et la rapidité de mise en œuvre. La complémentarité de ces techniques est largement référencée pour la caractérisation des interactions protéines-ligands

Cette plateforme est ouverte à la communauté de chercheurs académiques comme industriels.

La plateforme PINT est localisée au 3eme étage de l’aile verte de la faculté de médecine.

 

Pôle Microcalorimétrie

Responsable : François DEVRED

Equipements à disposition :  3 microcalorimètres: ITC200, VP-ITC et VP-DSC permettant à la fois de mener des études de calorimétrie de titration isotherme (ITC) et de calorimétrie à balayage de température (DSC), ainsi que d'un nanoDSF NT.Plex.

L'ITC permet de caractériser les interactions intermoléculaires en obtenant leur profil thermodynamique complet : constante d'affinité, stœchiométrie, enthalpie et entropie.

La DSC et le nanoDSF permettent de déterminer la thermostabilité (5-120 °C) de protéines, ADN, micelles ... ce qui donne notamment des indications sur la structure tertiaire des molécules et les interactions moléculaires. Le nanoDSF par l'utilisation de capillaires peut aussi être utilisé pour faire du screening d'interactions.

Parallèlement à notre activité de prestation de service, nous menons une activité R/D ayant pour objectif la mise au point d'une nouvelle méthode  diagnostique par profilage calorimétrique des biofluides. En collaboration avec l'équipe 8 de l'INP et le Service de Neuro-oncologie de La Timone (AP-HM) nous travaillons à la mise au point d'une méthode de suivi des glioblastomes (Tsvetkov et al Oncotarget 2018). En partenariat avec l'équipe QARMA du Laboratoire Informatique et Systemes, AMU et la société EURANOVA toutes deux spécalistes de l'apprentissage automatique (machine learning), nous developpons une approche universelle visant à généraliser cette méthode à d'autres maladies du système nerveux (Alzheimer, Parkinson, multiple sclerosis …).

Pôle Ultracentrifugation Analytique

Responsable : Pascale BARBIER

Equipement à disposition : Ultracentrifugeuse Analytique Beckman XLA

L'UltraCentrifugation Analytique (UCA) permet l’étude du comportement des macromolécules  natives  et en solution, soumises à une force centrifuge. A l’aide d’un système de détection qui permet de mesurer la concentration en macromolécule en fonction du rayon de centrifugation, nous pouvons effectuer deux types d’expériences qui vont conduire à l’obtention d’informations complémentaires :

La vitesse de sédimentation permet d’obtenir le coefficient de sédimentation, la forme, l’état associatif (monomère, dimère, trimère,…) d’une macromolécule. Elle peut aussi mettre en évidence la formation d’un complexe et permettre la détermination de sa constante d’affinité.

L’équilibre de sédimentation permet d’obtenir la masse, l’état associatif (monomère, dimère, trimère,…) et de mettre en évidence la formation d’un complexe macromoléculaire.

 

Pôle Résonance Plasmonique de Surface (SPR)

Responsable : Géraldine FERRACCI

Equipements à disposition : Biacore T200, Biacore 3000 et ProteOn XPR36

Les systèmes SPR sont conçus pour visualiser en temps réel les interactions entre biomolécules non marquées. Un des réactifs, le ligand, est retenu sur la sensor chip et les autres partenaires de l’interaction, appelés analytes, sont injectés à un débit constant à l'aide d'un circuit microfluidique. Le principe de la SPR permet de suivre à tout moment les changements de masse à la surface de la sensor chip, induits par la formation puis la dissociation des complexes moléculaires.

L’exploitation de la mesure en temps réel va permettre d’obtenir les constantes cinétiques d’association (ka) et de dissociation (kd) et d’en déduire l’affinité (KD) de l’interaction. Avec un mode d’analyses automatisées, parallélisées et miniaturisées, les biocapteurs optiques SPR permettent en outre de définir les constantes thermodynamiques, la concentration active d’un analyte, des cartographies épitopiques ou d’étudier des molécules en milieux complexes et de réaliser de la micropurification et récupération de partenaires inconnus.

 

Pole CAPM analyse protéomique

 

Responsable : Maya Belghazi, maya.belghazi@univ-amu.fr 

Equipement à disposition : Micro-HPLC Smart System BioRad ; Ultraflex II TOF-TOF Bruker ; Q-TOF Ultima Waters ; TECAN EVO 100 ; Nano UHPLC DIONEX 3000.

La spectrométrie de masse est une technique physique d’analyse qui permet de détecter et d’identifier des molécules par mesure de leur masse et de caractériser leur composition chimique. Services proposés : Masse entière ; Identification PMF ou MSMS ; Quantification iTRAQ ; Séquençage de novo.

partenaires: 

Voici une liste non exhaustive des équipes ayant fait appel à la plateforme PINT :

Marseille medical genetics, Inserm UMR U1251, Marseille (Marc Bartoli) - Institut de Chimie de Nice, UMR CNRS 7272, Nice (Rachid Benhida) - Centre européen de recherche en imagerie médicale, Marseille (Benjamin Guillet) - INP, Institut de NeuroPhysiopathologie, UMR CNRS 7051, Marseille (Francois Devred, Emeline Tabouret) - CRCM, Centre de recherche en cancérologie de Marseille, Inserm U1068, Marseille (Joseph Ciccolini, Eddy Pasquier) - Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires,UMR CNRS 7255, Marseille (James Sturgis) - Grenoble Institut Neurosciences, Inserm UMR U1216, Grenoble (Isabelle Arnal) - Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques, CNRS UMR 7257, Marseille, (Sonia Longhi) -  Institut de Microbiologie de la Méditerranée, Laboratoire de chimie Bactérienne, CNRS UMR 7283, Marseille, (Romé Voulhoux) - Institut de Microbiologie de la Méditerranée, Bioénergétique et Ingénierie des Protéines, CNRS UMR 7281, Marseille, (Brigitte Gontéro)

Détails

Labellisation: 

PFNT est une pleforme labellisée AMU

 

Actualités

  1. INP attending first MOSBRI meeting in Paris

    On the 20-22 nd June, the first Molecular Scale Biophysics Research Infrastructure (MOSBRI) conference was held in Paris. Dahbia Yatoui from team 9 and Géraldine Ferracci from PINT went to this event, where Dahbia had the opportunity to present her work "Role of zinc-binding sites in Tau aggregation" on a poster.

  2. New publication : "Identification of the three zinc-binding sites on tau protein" from team 9 and PINT

    Team 9 and PINT are glad to see Romain La Rocca's main PhD paper is finally out in the International Journal of Biological Macromolecules.

  3. MEDIM 2022 - retour d'expérience

    Du lundi 24 au vendredi 29 avril s'est tenue, toujours avec succès, la deuxième édition de la formation MedIM (Méthodes d'étude des Interactions Moléculaires) co-organisée par la Plateforme INteractome Timone (PINT) de l’INP, la plateforme de Biologie Structurale de l’AFMB et les plateformes de l’IMM, toutes trois labellisées "Plateformes Technologiques du site d'Aix-Marseille".

  4. L'équipe GlioME et la plateforme PINT mobilisées lors de l'assemblée générale de l'association ARTC Sud

    Emmanuel Snacel-Fazy, doctorant dans l'équipe Gliome et  François Devred co-directeur de la plateforme PINT ont présenté leurs travaux lors de l'assemblée générale de l'Association pour la Recherche sur les Tumeurs Cérébrales (ARTC Sud).

  5. Recent works on Zinc binding to S100A1 and to NCS-1 published in Biomolecules and in  International Journal of Molecular Sciences respectively

    Team 9 (Cytoskeleton and Neurophysiopathology) and platform PINT (platform interactive Timone) are happy to see the almost simultaneous publications of two papers about about the impact of Zn2+ binding to NCS1 and to S100A1 respectively with their collaborators from Belozersky Institute of Physico Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University, while the third one about Tau protein Zn2+ binding sites has been under review for already 3 months ... 

  6. Romain La Rocca giving a talk in EuroTau 2021 meeting

    Romain La Rocca, former member of INP team 9, shared the stage of EuroTau meeting in Lille's Grand Palais with Illana Gozes (Israel), Cláudio M. Gomes (Portugal), Amandine Grimm (Switzerland), Yann Fichou (France), Marina Rierola (Germany), Laura Vallés Saiz (Spain), Marie Galas (France) and Mahmoud Maina (UK / USA) during Session #3 chaired by Isabelle Landrieu & Yann Fichou.

    He presented his PhD work on the Three zinc binding sites of Tau and their role in tau aggregation and little bit of the perspectives Dahbia Yatoui is currently working on right now.

     

  7. INP attended Canceropole PACA 8th annual seminar

    Last week the 8th annual seminar of Canceropole PACA took place in the Palais des Congrés of Saint Raphaël. During these 2 days a great number of scientific presentations were given, including different aspects of INP research coming from team 8, team 9 and the platform PINT, during the poster sessions.

  8. INP first video abstract ?

    A couple weeks after the release of article "An AI-Powered Blood Test to Detect Cancer Using NanoDSF" authored by Tsvetkov Philipp*, Eyraud Rémi*, Ayache Stéphane, Bougaev Anton, Malesinski Soazig, Benazha Hamed, Gorokhova Svetlana, Buffat Christophe, Dehais Caroline, Sanson Marc, Bielle Franck, Figarella Branger Dominique, Chinot Olivier, Tabouret Emeline* and Devred François* in Cancers, the two first and two last authors of this interdisciplinary study participated in their first video abstract. Here is the result ... be kind 

     

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